Ученые смоделировали молекулярную структуру ВИЧ

Биофизики из университета Иллинойса смоделировали молекулярную структуру протеиновой оболочки ВИЧ, что в перспективе позволит создать более эффективные препараты для терапии СПИДа.

Исследователи сумели воспроизвести защитную структуру ВИЧ, применив графическую симуляцию на базе бесплатного программного пакета с открытым кодом, сообщает Корреспондент.

Для моделирования ученые использовали петафлопный суперомпьютер Blue Waters, являющийся одним из самых быстрых суперкомпьютеров в мире. В качестве операционной системы, управляющей модулями суперкомпьютера, используется Linux .

Для того, чтобы воспроизвести структуру протеиновой оболочки ВИЧ (называемую капсидом), ученые произвели детализированную симуляцию 100 наносекунд молекулярного движения 4 миллионов атомов, которые образуют 1300 идентичных белков, составляющих капсид ВИЧ.

Симуляция молекулярного движения заключается в применении законов движения к отдельным атомам. Исследователь моделирует действие сил притяжения и отталкивания между частицами, благодаря которым возникает их сложное движение. "Вычислительная мощность, использованная для проведения моделирования, стала рекордной за всю историю научных экспериментов - учитывалось взаимодействие 64 миллионов атомов", - сообщил Клаус Шультен, профессор физики университета Иллинойса.